為什么要修建這座廟?為什么又要修建在額爾敦敖包之山下呢?

乾隆七年(1742)，一位西藏傳教喇嘛巴拉吉爾隆德布，在草原輾轉(zhuǎn)傳教來到錫林郭勒草原貝子旗的牧民太吉家。女主人正要給蒙古包內(nèi)的佛像上香，忽見喇嘛登門，忙不迭地一手提桶鮮牛奶，一手舉著剛點(diǎn)燃的佛香，急忙出蒙古包門去迎客。巴拉吉爾隆德布喇嘛見狀認(rèn)為這是一個(gè)吉兆，便決意在此地住下來。他得到貝子(旗主官爵，低于王、貝勒，高于國(guó)公)巴拉吉爾道爾吉的資助、支持后，便在額爾敦敖包前建造了一座木質(zhì)小廟，開始傳播喇嘛教。漸漸地，他得到了人們的尊敬和崇拜，開始小有名氣，被當(dāng)?shù)啬撩穹Q為“班地”(藏語，聰明喇嘛)。

乾隆八年(1743)，貝子廟開始正式修建。先蓋正房五間為拉卜愣殿，作為佛堂兼宿舍，接著又興建正殿朝克沁大殿。

另有一種說法是：雍正年間(1723—1735)，一位叫巴拉吉爾隆德布的活佛，從遙遠(yuǎn)的青海出發(fā)，一路誦經(jīng)布道，歷經(jīng)千辛萬苦，來到了錫林河畔，受到了貝子巴拉吉爾道爾吉的禮遇、推崇。當(dāng)時(shí)，草原上十分盛行喇嘛教。牧人們聽說從幾千里之外來了一位活佛，便紛紛騎馬乘勒勒車從四面八方趕來。一時(shí)間，在錫林河畔，云集了成百上千虔誠的牧人。為了表示對(duì)活沸的敬意，巴拉吉爾道爾吉給活佛建造了一座小廟。從此以后，前來聽經(jīng)的牧人與日俱增，許多人還要求出家當(dāng)喇嘛，這使原有的小廟顯得擁擠不堪。乾隆八年(1743)，巴拉吉爾道爾吉經(jīng)過兩年的籌備，開始大興土木，建造規(guī)模宏大的廟宇。

當(dāng)時(shí)，這一帶異常閉塞，建廟所用的磚、木、石乃至佛像、經(jīng)卷等全部要從多倫諾爾、張家口、北京甚至青海、西藏等地運(yùn)來，交通工具又非常原始，艱難程度可以想象。

這座廟宇建成后，草原上的人們都稱之為“貝子廟”，這不僅是因?yàn)榇藦R建在貝子旗，更重要的是它是由貝子巴拉吉爾道爾吉主持建造的。后來乾隆皇帝為貝子廟欽賜漢名“崇善寺”。

貝子廟雕梁畫棟，重樓復(fù)閣，匯集了許多人的智慧。那飛檐斗拱的建筑，千姿百態(tài)的佛像，富麗堂皇的繪畫裝飾，均具鮮明的民族特色。貝子廟曾有一百多年的興盛時(shí)期，喇嘛最多時(shí)達(dá)1200人，曾被列為內(nèi)蒙古四大廟宇之一。同時(shí)，它也是內(nèi)蒙古地區(qū)藏傳佛教建筑形制中漢式形制的典型代表。當(dāng)時(shí)，廟里的上層喇嘛與西藏拉薩和山西五臺(tái)山等地的宗教上層保持著密切的聯(lián)系，常常跋山涉水徒步到拉薩等地朝拜、取經(jīng)。后來，隨著清王朝的覆滅，貝子廟才開始逐漸衰敗。

1947年內(nèi)蒙古自治區(qū)成立后，貝子廟一帶成了錫林郭勒盟政治、經(jīng)濟(jì)、文化的中心，周圍的建筑不斷擴(kuò)大。數(shù)十年后，形成了現(xiàn)在的錫林浩特市，貝子廟也因錫林浩特的繁榮而興盛起來。