馬耀南7歲入私塾，后考入 周村高等小學。1920年考入濟南省立第一中學。1924年考入天津 北洋大學攻讀機 械工程學。在校期間，被選為北洋大學學生聯合會和天津市學生聯合會的負責人。他信仰 孫中山“聯俄、聯共、扶助農工”的三大政策，參加了國民黨。1930年，他以優(yōu)異的成績畢業(yè)，獲得學士學位。馬耀南積極投身反帝愛國運動，與進步同學一起組織反日會，到街頭、農村宣傳抗日救國，抵制日貨。1929年出席國民黨第三屆全國代表大會，目睹國民黨的黑暗腐敗，憤而退席。后參加國民黨的改組派，參與反蔣活動，后被開除國民黨 黨籍，并遭國民黨通緝。 1930年，馬耀南以天津學界代表的身份參加了國民黨在南京召開的第三次全國代表大會，并參加了倒蔣(介石)運動。同年(1930年)，國民黨以親共反蔣的罪名開除了他的黨籍，并下令通緝。他決定摒棄國民黨，走“教育救國”的道路。1933年，被 長山縣的鄉(xiāng)紳們，聯名邀請回本縣當了 長山中學的校長。

　　1937年“七七”事變發(fā)生后，他看到國土淪喪，民眾倒懸，便毅然投筆從戎參加了革命。1937年12月，他同 姚仲明、 廖容標、 趙明新同志一起領導了著名的 黑鐵山起義，擔任了山東人民抗日救國軍 第五軍參謀長， 八路軍山東人民抗日游擊隊第三支隊司令員。同年10月加入中國共產黨。1939年7月22日，在 桓臺縣牛王莊突圍戰(zhàn)斗中不幸中彈犧牲。時年37歲。