故事的高潮也在慢慢到來。2013年10月2日(立花瀧當(dāng)?shù)貢r(shí)間2016年10月2日)，宮水三葉的肉體被立花瀧所控制，這一天，她與外婆和妹妹來到神體隱世之中，向產(chǎn)靈之神供奉口嚼酒，前去的路上，立花瀧的靈魂從外婆口中獲取了結(jié)與口嚼酒的真正含義，這也為之后立花瀧開啟時(shí)空B埋下伏筆。而在黃昏之時(shí)，作為宮水家族傳人的外婆宮水一葉看出了靈體交換的宮水三葉，故向之詢問“你是在做夢(mèng)嗎”，立花瀧夢(mèng)醒，靈魂歸體。2016年10月2日(宮水三葉當(dāng)?shù)貢r(shí)間2013年10月2日)，立花瀧的肉體在同一時(shí)刻被宮水三葉所控制，助攻立花瀧與奧寺美紀(jì)在第二天(立花瀧當(dāng)?shù)貢r(shí)間2016年10月3日)約會(huì)，而靈魂剛剛從黃昏之時(shí)歸來而醒的立花瀧立花瀧正好看到了前一天宮水三葉留下的信息，心不在焉的與奧寺美紀(jì)約會(huì)，奧寺美紀(jì)在約會(huì)結(jié)束時(shí)點(diǎn)破，試探立花瀧是不是之前喜歡自己(可怕的直覺)，然后又喜歡上了其他女生(極其可怕的直覺)，立花瀧慌忙否認(rèn)。宮水三葉在前一天(宮水三葉當(dāng)?shù)貢r(shí)間2013年10月2日)留下的日記里，言明晚間能看到彗星，而身處2016年的立花瀧，則不知道宮水三葉在說些什么。

　　而電影從立花瀧打電話給宮水三葉的畫面陡轉(zhuǎn)到宮水三葉接到了敕使河原克彥提醒自己參加秋之祭典的電話，此時(shí)未發(fā)生靈體交換。2013年10月4日，正是彗星碎片摧毀系守鎮(zhèn)，500余名居民喪生的那一天。細(xì)心的觀影者會(huì)發(fā)現(xiàn)這里刻意省略掉了10月3日這一天，這一天所發(fā)生的情節(jié)會(huì)在之后補(bǔ)敘出來。晚間時(shí)，好友敕使河原克彥與名取早耶香首次發(fā)現(xiàn)了身著祭典浴服的短發(fā)宮水三葉，表示非常詫異，預(yù)言家好友敕使河原克彥認(rèn)為剪短發(fā)是因?yàn)閷m水三葉失戀了(可怕的直覺)。宮水三葉目睹了彗星碎片墜落的一瞬，此時(shí)黑屏過渡并伴有如同生命終結(jié)般的特殊音效，暗示宮水三葉死亡。畫面切至立花瀧，他打電話給宮水三葉，卻發(fā)現(xiàn)怎么也打不通，當(dāng)然打不通，因?yàn)槎酥g相隔了三年，而宮水三葉已死。自此之后，靈體交換失效。

　　困惑的立花瀧根據(jù)靈魂的記憶和約會(huì)時(shí)看到的關(guān)于系守鎮(zhèn)的展覽開始尋找宮水三葉生活的小鎮(zhèn)，在好友藤井司和奧寺美紀(jì)的協(xié)助下，找到了已成為廢墟的系守鎮(zhèn)，得知了3年前彗星碎片墜落小鎮(zhèn)的事實(shí)，在死亡名冊(cè)里，找到了宮水三葉及其家人好友的名字，另，可從死亡名冊(cè)推知女主角的出生年為1996年，而男主角則出生于1999年。

　　沮喪的眾人決定返回東京，當(dāng)晚，奧寺美紀(jì)通過死亡紀(jì)念冊(cè)得知了繩結(jié)的習(xí)俗，并發(fā)現(xiàn)立花瀧的手鏈似乎就是一種繩結(jié)，由此她相信立花瀧所言非虛，同時(shí)也證實(shí)了之前自己的揣測(cè)，從前喜歡自己的立花瀧已經(jīng)喜歡上了別人。繩結(jié)里殘存的三年前的微弱記憶喚醒了立花瀧靈魂里對(duì)神體隱世的記憶，于是他給好友留下字條，只身前往系守湖西北，尋找隱世，在途中，他也領(lǐng)悟到了結(jié)的真正含義，正如同外婆所言，結(jié)是聚合、成型、扭曲、纏繞、斷裂、還原、聯(lián)結(jié)，結(jié)是時(shí)間。

　　果然，立花瀧找到了隱世，進(jìn)入隱世后發(fā)現(xiàn)并品嘗了三年前宮水三葉封存的口嚼酒，于是承接了制酒者的靈魂，強(qiáng)制發(fā)生靈體交換，強(qiáng)制發(fā)生靈體交換時(shí)的狂想式動(dòng)畫，解釋了結(jié)的全部意義，彗星是結(jié)，臍帶是結(jié)，跳動(dòng)的心臟是結(jié)，流動(dòng)的時(shí)間是結(jié)，立花瀧與宮水三葉通過結(jié)而維系，產(chǎn)生了靈體交換。之后，時(shí)空A中立花瀧的靈魂進(jìn)入2013年10月4日清晨宮水三葉的肉體，開啟時(shí)空B。在醒來后發(fā)現(xiàn)宮水三葉還活著的事實(shí)，留著淚水瘋狂施展了豐胸大法，這個(gè)舉動(dòng)嚇壞了妹妹。從新聞中了解了自己還有半天時(shí)間拯救系守鎮(zhèn)居民，也從外婆口中得知了宮水神社歷代傳人擁有靈體交換的功能，于是叫來好友敕使河原克彥與名取早耶香共同商討救村計(jì)劃，此時(shí)二人首次發(fā)現(xiàn)剪了短發(fā)的宮水三葉，表示十分詫異。

　　敕使河原克彥查到了系守湖的成因?yàn)殡E石撞擊，于是證實(shí)了當(dāng)晚發(fā)生彗星碎片墜落的可能性，宮水三葉計(jì)劃說服身為鎮(zhèn)長(zhǎng)的父親以避難演習(xí)的方式轉(zhuǎn)移民眾至安全地帶，奈何父親根本不買賬，甚至看出了此時(shí)的由時(shí)空A立花瀧靈魂控制的宮水三葉的行為極為異常。三人決定實(shí)行備用計(jì)劃，由敕使河原克彥利用家里的炸藥炸毀發(fā)電站，然后信號(hào)轉(zhuǎn)接到學(xué)校廣播站，由廣播站的名取早耶香通過臨時(shí)電臺(tái)向全鎮(zhèn)發(fā)送避難信號(hào)。在計(jì)劃開始前，宮水三葉見到了妹妹，妹妹也覺得姐姐的行為十分異常，并言明了前一天，也就是2013年10月3日發(fā)生的事情，宮水三葉只身一人前往東京找尋立花瀧。

　　此時(shí)的宮水三葉身體里的立花瀧的靈魂終于回憶起了2013年10月3日發(fā)生的事情。自己在三年前的這一天在火車上碰到了一個(gè)能叫出自己名字的奇怪女子，女子在下車的時(shí)候告訴了自己她名叫宮水三葉，并贈(zèng)予了頭上的發(fā)帶，也就是結(jié)。這個(gè)結(jié)被自己做成手鏈，戴了三年，直到現(xiàn)在。

　　而處于時(shí)空A的宮水三葉的靈魂則進(jìn)入了還存在于時(shí)空A隱世剛剛服下口嚼酒的立花瀧的肉體，隨后時(shí)空A殘存在口嚼酒中宮水三葉的靈魂借助立花瀧的肉體目睹了三年后的小鎮(zhèn)景象，得知自己肉體在三年前已經(jīng)死在系守鎮(zhèn)，而靈魂則存于口嚼酒中，如今依附在立花瀧的肉體上。在隱世之上，二人相隔三年的時(shí)差呼喚著彼此互換靈魂的名字，黃昏之時(shí)，時(shí)空交錯(cuò)，可以看見不可見之人，二人在東京相見后再次相會(huì)，同時(shí)二人夢(mèng)醒，靈魂歸體。此時(shí)口嚼酒中封印的時(shí)空A里宮水三葉的靈魂從時(shí)空A立花瀧的肉體上返回時(shí)空B宮水三葉的肉體上，形成了時(shí)空B下的宮水三葉全體;而時(shí)空A立花瀧的靈魂也返回時(shí)空A立花瀧的肉體。在短暫的黃昏時(shí)分，相隔三年的可看見彼此并擁有全部記憶。立花瀧在宮水三葉的手上寫下了“我喜歡你”，而宮水三葉在立花瀧手上只寫下了名字中的一筆，黃昏便結(jié)束，二人再也看不到對(duì)方了，隨后記憶迅速消失。

　　時(shí)空A下的立花瀧喪失了關(guān)于隱世與宮水三葉的全部記憶，只記得來到這里是為了尋找守護(hù)某個(gè)很重要的人，而時(shí)空A下宮水三葉死亡的事實(shí)已不可逆，二人在時(shí)空A終將無法相見。時(shí)空B下的宮水三葉成功說服了父親以臨時(shí)避難演習(xí)的理由號(hào)召居民避難，使得居民全部奇跡生還。而時(shí)空B下還在讀初中的立花瀧，在2013年10月4日奇跡發(fā)生之后，便十分關(guān)注系守鎮(zhèn)，仿佛有什么重要的東西在那里等著他去尋找，在2016年10月高中時(shí)同好友藤井司和奧寺美紀(jì)一同前往系守鎮(zhèn)，但沒有關(guān)于隱世記憶，在與好友大吵一架之后前往緊鄰隱世的丘陵，在山頂睡了一夜后無功而返。

　　2021年，時(shí)空B下的立花瀧剛剛大學(xué)畢業(yè)，除了找工作，他似乎依然在尋找著夢(mèng)境中的某人，奧寺美紀(jì)已經(jīng)訂婚，一次見面時(shí)和立花瀧聊起了系守鎮(zhèn)之行。系守鎮(zhèn)眾人已經(jīng)搬到東京，宮水四葉還在讀書，敕使河原克彥與名取早耶香正籌備婚禮，同時(shí)也在尋找著房屋中介。

　　片尾曲此時(shí)響起，時(shí)空B下的二人在東京多次擦肩而過，終于在相向而行的兩列列車?yán)锿高^玻璃看到了對(duì)面的人就是自己一直要尋找的那個(gè)人，這便是電影剛開始的場(chǎng)景。二人迅速下車去尋找對(duì)面列車?yán)锏娜?，終于在長(zhǎng)梯的兩端，二人相遇。再尷尬的再次錯(cuò)過之后，立花瀧轉(zhuǎn)身開口：我在哪里見過你嗎?轉(zhuǎn)身后的宮水三葉早已淚流滿面，答到：我也是呢!

　　二人同時(shí)想說出對(duì)方的名字，卻發(fā)現(xiàn)什么都說不出。

　　“你的名字是……”這便是時(shí)結(jié)里的迷藏吧。