行政補償是指國家對行政機關及其工作人員在行使職權過程中因合法行為損害公民、法人或者其他組織合法權益而采取的補救措施。行政賠償和行政補償都是國家對行政機關及其工作人員行使職權過程中給公民、法人或者其他組織合法權益造成的損害采取補救措施，而且在危險責任領域，行政補償與行政賠償之間沒有明確的界限。但是，兩者仍然存在許多區(qū)別，表現在：
1、原因不同。兩者都是國家對行政機關及其工作人員在行政管理過程中損害公民、法人或者其他組織合法權益所采取的補救措施，但是，行政賠償所針對的損害是行政機關及其工作人員的違法行為，而行政補償針對的是合法行為。
2、范圍不同。行政賠償的范圍小于行政補償的范圍。行政賠償受國家賠償法的限制，國家并非對所有的行政侵權行為都承擔賠償責任，如對國防外交等國家行為，一般認為實行國家豁免，國家對給公民、法人或者其他組織所造成的損害不承擔賠償責任。行政補償的原因行為除了合法性這一限制之外，沒有其他的限制。
3、程度不同。行政賠償對公民、法人或者其他組織合法權益的補救程度不如行政補償充分。國家賠償法針對的損害限于人身權和財產權的損害，而行政補償沒有這種限制。而且，對國家賠償法規(guī)定范圍之內的行政侵權行為所造成的損害，國家也并非全部賠償，而是限于最低限度的直接損失。國家賠償法規(guī)定"計算標準"的作用之一為了限制賠償的數額。行政補償采取補償實際損失的原則，行政機關及其工作人員的合法行為給公民、法人或者其他組織的合法權益造成了多大的損害，國家就補償多少。當然，行政補償所針對的損害必須是特定的公民、法人或者其他組織所遭受特別的損害，而不是普遍的損害。從損害這一點來看，行政賠償著眼于賠償的最高數額，而行政補償著眼于損害的特定性，沒有數額的限制。
4、程序不同。行政補償可能是在損害發(fā)生之前由行政機關與公民協(xié)商解決，也可能是在損害發(fā)生之后由行政機關與之協(xié)商解決。行政賠償只能發(fā)生在侵權行為發(fā)生之后，由行政機關與公民協(xié)商解決。行政補償和行政賠償都可以適用調解，但是，公民因與行政機關對行政補償不能達成協(xié)議而起訴的，適用一般的行政訴訟程序；與行政賠償義務機關對行政賠償不能達成協(xié)議而起訴的，適用行政侵權賠償訴訟程序。
5、性質不同。行政賠償性質上屬于行政法律責任，而行政補償性質上屬于具體行政行為。行政賠償是國家對行政機關及其工作人員違法行使職權的行為而承擔的一種法律責任，具有否定和譴責的含義；而行政補償是國家對行政機關及其工作人員合法行為所造成的損害而采取的補救措施，行政機關作出的補償決定屬于具體行政行為。
6、依據不同。行政補償的法律依據是有關的單行的部門法律法規(guī)，而行政賠償的法律依據是行政訴訟法和國家賠償法。